В Симулятор Метро 3D пользователь займется развитием карьеры водителя метро, открывая по ходу игры новые маршруты, поезда и другие улучшения. Чтобы получить максимальную сумму призовых очков юзеру следует перевозить как можно больше пассажиров. Ускорять или замедлять движение можно с помощью специального рычага, а открывать и закрывать двери на станциях кнопкой «Дверь». Для отслеживания обстановки в вагонах можно использовать камеры, а для объявления нужной информации задействовать клавишу «Микрофон».
Перевозя потоки пассажиров, игрок заработает виртуальные активы и получит более высокий ранг. Чем он выше, тем более современными станут и поезда, а получение высшего ранга откроет пользователю расширенную карту подземки.