Ninja Must Die — новые приключения маленького воинственного воина-ниндзя, который должен раскрыть тайну Царства ниндзя. Но откроется она только во время сражений с воинственным боссом. Параллельно ему придется искать ответы на многочисленные головоломки и в этом герою понадобиться ваша помощь. 
300 лет назад человечество рухнуло в бездну, но два отважных героя создали новую страну - страну Солнечных рассветов. Один из них - Самурай Дайме - стал верховным правителем новой земли, второй продолжает сражаться с тенями и новыми его врагами стал правящий клан самураев, погрязший в грехах и жадности к власти. В роли молодого воина-ниндзя вы должны будете раскрыть тайну бесконечной вражды между ниндзя и самураями. Присоединяйтесь к нему в этой ожесточенной вражде между кланами. Это будет новая эра огня и крови.