Pocket Mortys приглашает в удивительный мир, где игрок встретится с двумя уникальными героями – чудаковатым профессором Риком и его недалеким внуком Морти. Несмотря на свою эксцентричность, Рику удалось создать портальную пушку, с помощью которой он вместе с внуком отправится путешествовать по различным мирам. В ходе геймплея главные герои бросят вызов жутким боссам, которые служат привратниками удивительных вселенных. Каждый из боссов является клоном Морти, имея лишь небольшие отличительные особенности. 
Чтобы клоны стали служить Рику и Морти, их необходимо одолеть в бою, понизив уровень здоровья до минимальной отметки. Кроме этого центральные персонажи примут участие и в других приключениях: будут обходить опасные ловушки, собирать бонусы и повышать свои эпичные навыки. Собрав команду игрок сможет бросить вызов более сильным соперникам.