Bee Factory геймплей реализован в формате кликера. Вначале игрок почувствует острый дефицит, как пчел, так и ульев. И выполнение заданий и модернизация сот повысит уровень доходов, дающих отличный потенциал для приобретения новых трудяг. Чем больше тапов, тем более высокой станет и выручка. Более 100 видов пчел принесут различные сорта меда, который впоследствии нужно продавать на рынке. Эксплуатируя медоносных тружениц и активно кликая по экрану, пользователь заработает капитал в виде призовых баллов и виртуальных монет. Чтобы получать еще больше дивидендов, геймеру следует приобретать ускорители, с чьей помощью производство выйдет на более высокий уровень.
Управление игровым процессом осуществляется с помощью взаимодействия с дружественной панелью интерфейса.